Die Justizvollzugsanstalten
Nach der Auflösung des Internierungslagers im Jahr 1948 übernahm die Freie und Hansestadt Hamburg Gelände und Gebäude des ehemaligen Konzentrationslagers. Im Bereich des ehemaligen Häftlingslagers wurde das „Männergefängnis Neuengamme“ eingerichtet, für das 1950 auch ein Gefängnisneubau entstand. Diese Justizvollzugsanstalt ist nach jahrzehntelangen Auseinandersetzungen im Juni 2003 nach Billwerder verlegt worden. Auf den ehemaligen Tongruben wurde Ende der 1960er-Jahre ein weiterer Gefängnisneubau errichtet, der seit 1970 erst als Jugendanstalt, dann als Justizvollzugsanstalt genutzt wurde. Im Februar 2005 kündigte die Hamburger Justizbehörde auch die Schließung dieses Gefängnisses bis zum Jahresende 2005 an.
Die Justizvollzugsanstalt XII
Im Februar 1948 bezogen 40 Gefangene und acht Beamte das Klinkerwerk und begannen mit Aufräum- und Reparaturarbeiten. Am 6. September des Jahres wurde dann auf dem Gelände des ehemaligen Häftlingslagers das „Männergefängnis Neuengamme Anstalt XII“ in festlicher Form eröffnet. Die halb offene, später offene Justizvollzugsanstalt galt als beispielhaft für den liberalen Strafvollzug in Hamburg. Untergebracht waren zunächst erwachsene Männer, ab 1995 gab es auch eine Abteilung für Frauen. Die Justizvollzugsbeamten waren anfangs im ehemaligen SS-Lager untergebracht, 1953 wurde für sie eine eigene Siedlung im nördlichen Lagerbereich fertig gestellt. Zu dem 1949/50 im Bereich des ehemaligen Häftlingslagers errichteten Zellenbau kamen im Lauf der 1980er-Jahre weitere Neubauten hinzu.
Die Justizvollzugsanstalt IX
Bereits 1955 plante die Stadt Hamburg einen Gefängnisneubau in unmittelbarer Nähe des ehemaligen Lagergeländes. Das Zuchthaus Fuhlsbüttel sollte aufgelöst und bis zu 700 Gefangene sollten in einer neu errichteten Anlage südlich des „Männergefängnisses Neuengamme“ untergebracht werden. Dieser Plan wurde Ende der 1950er-Jahre aufgegeben. Stattdessen wurde nördlich des „Männergefängnisses Neuengamme“ die „Jugendanstalt Vierlande“ errichtet. Hier waren 300 jugendliche Untersuchungshaft- und Strafgefangene untergebracht, bis Anfang der 1990er-Jahre der gesamte Jugendstrafvollzug nach Hahnöfersand verlegt wurde. Seitdem verbüßten dort erwachsene Männer ihre Freiheitsstrafen. Die „historische Verantwortung gegenüber den Opfern und ihren Hinterbliebenen“ war einer der Gründe für den am 28. Februar 2005 bekannt gegebenen Beschluss der Justizbehörde, die „Justizvollzugsanstalt Vierlande“ komplett zu schließen.